ViralQC
  • Instalação
    • Pré-requisitos
    • Instalação via pip
      • Passo 1: Instalar Dependências
      • Passo 2: Instalar ViralQC
      • Passo 3: Verificar Instalação
    • Instalação a partir do código-fonte
      • Passo 1: Clonar o Repositório
      • Passo 2: Criar Ambiente Conda
      • Passo 3: Instalar ViralQC
      • Passo 4: Verificar Instalação
  • Configuração de Datasets
    • Estrutura do arquivo datasets.yml
    • Datasets do Nextclade
    • Datasets do GitHub
    • Parâmetros de Configuração
  • Lógica de Pontuação
    • Por Que Um Sistema Próprio?
    • Métricas de Qualidade
      • 1. missingDataQuality - Qualidade de Dados Ausentes
      • 2. privateMutationsQuality - Qualidade de Mutações Privadas
      • 3. mixedSitesQuality - Qualidade de Sítios Mistos
      • 4. snpClustersQuality - Qualidade de Clusters de SNPs
      • 5. frameShiftsQuality - Qualidade de Frameshifts
      • 6. stopCodonsQuality - Qualidade de Códons de Parada
    • Cálculo do genomeQuality
    • Extração de Regiões-Alvo
  • Comandos e Uso
    • get-nextclade-datasets
      • Uso
      • Parâmetros
      • Estrutura de Saída
    • get-blast-database
      • Uso
      • Parâmetros
      • Filtragem por Data de Release
      • Versão do Banco
      • Estrutura de Saída
    • run
      • Uso
      • Parâmetros Obrigatórios
      • Parâmetros de Saída
      • Parâmetros de Datasets
      • Parâmetros do Nextclade Sort
      • Parâmetros do BLAST
      • Tipos de Tarefa BLAST
      • Parâmetros de Sistema
      • Exemplo Completo
      • Fluxo de Análise
    • API
      • Uso
      • Atributos e Métodos
  • Como Adicionar Novos Datasets
    • Adicionando Dataset do Nextclade
      • Passo 1: Identificar o Dataset
      • Passo 2: Editar datasets.yml
      • Passo 3: Obter Informações Taxonômicas
      • Passo 4: Testar
    • Adicionando Dataset do GitHub
      • Passo 1: Preparar Repositório
      • Passo 2: Adicionar ao datasets.yml
      • Passo 3: Testar
  • Estrutura de Saída
    • Arquivo Principal: results.tsv (ou .csv, .json)
      • 1. Identificação da Sequência
      • 2. Métricas de Qualidade (Sistema A-D do ViralQC)
      • 3. Métricas de Qualidade (Nextclade)
      • 4. Cobertura e Regiões
      • 5. Mutações Nucleotídicas
      • 6. Mutações de Aminoácidos
      • 7. Mutações Privadas (Detalhadas)
    • Arquivos de Regiões-Alvo
      • sequences_target_regions.bed
      • sequences_target_regions.fasta
    • Arquivos de Anotação
      • gff_files/
        • gff_files/per_sample/
      • tbl_files/
        • tbl_files/per_sample/
  • Exemplos Práticos
    • Exemplo 1: Análise Básica de Dengue
    • Exemplo 2: Influenza (Múltiplos Segmentos)
    • Exemplo 3: Análise Metagenômica
    • Exemplo 4: Banco de Dados Reproduzível
    • Exemplo 5: Saída em JSON
    • Exemplo 6: Busca BLAST Sensível
  • Solução de Problemas
    • Problema 1: Comando vqc não encontrado
    • Problema 2: Erro ao baixar datasets
    • Problema 3: Banco BLAST não encontrado
    • Problema 4: Nenhuma sequência mapeada
    • Problema 5: Erros de memória
    • Problema 6: Permissão negada
    • Problema 7: Datasets do GitHub não baixados
    • Obtendo Ajuda
  • Guia do Desenvolvedor
    • Gerenciamento de datasets (Datasets)
      • get_github_dataset.py
      • jsonl_to_gff.py
      • get_minimizer_index.py
    • Pipeline de Análise
      • format_nextclade_sort.py
      • blast_wrapper.py
      • reorder_cds.py
      • post_process_nextclade.py
      • extract_target_regions.py
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