Solução de Problemas

Problema 1: Comando vqc não encontrado

Sintoma:

bash: vqc: command not found

Solução:

# Ativar ambiente
micromamba activate viralQC

# Verificar instalação
pip show viralQC

# Reinstalar se necessário
pip install --force-reinstall viralQC

Problema 2: Erro ao baixar datasets

Sintoma:

ERROR: Failed to retrieve Nextclade public datasets

Soluções:

  1. Verificar conexão com internet

  2. Verificar caminho do dataset em datasets.yml

  3. Atualizar tag para versão mais recente

Problema 3: Banco BLAST não encontrado

Sintoma:

ERROR: BLAST database not found at datasets/blast.fasta

Solução:

vqc get-blast-database

Problema 4: Nenhuma sequência mapeada

Sintoma: Todas as sequências aparecem como “Unclassified”

Soluções:

  1. Verificar qualidade das sequências de entrada

  2. Usar parâmetros BLAST relaxados:

    --blast-pident 70 --blast-qcov 50

  3. Adicionar datasets faltantes ao datasets.yml

Problema 5: Erros de memória

Sintoma:

Killed/Core dump

Soluções:

  1. Reduzir cores: --cores 2

  2. Dividir FASTA em arquivos menores

  3. Usar máquina com mais RAM

Problema 6: Permissão negada

Solução:

vqc run-from-fasta \
  --sequences-fasta seqs.fasta \
  --output-dir ~/meus_resultados

Problema 7: Datasets do GitHub não baixados

Soluções:

  1. Verificar formato do repositório: usuario/repositorio

  2. Verificar se tag/branch existe

  3. Verificar conectividade: ping github.com

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