Instalação

Pré-requisitos

O ViralQC requer Python 3.8 ou superior (mas inferior a 3.12) e várias dependências de bioinformática.

Instalação via pip

Passo 1: Instalar Dependências

Instale as dependências usando micromamba ou conda:

micromamba install \
  -c conda-forge \
  -c bioconda \
  "python>=3.8.0,<3.12.0" \
  "snakemake-minimal>=7.32.0,<7.33.0" \
  "blast>=2.16.0,<2.17.0" \
  "nextclade>=3.15.0,<3.16.0" \
  "seqtk>=1.5.0,<1.6.0" \
  "ncbi-datasets-cli>=18.9.0,<18.10.0" \
  "taxonkit>=0.20.0,<0.21.0"

Descrição das Dependências:

Pacote	Versão	Descrição
Python	≥3.8.0, <3.12.0	Linguagem de programação base
Snakemake	≥7.32.0, <7.33.0	Gerenciador de workflows
BLAST	≥2.16.0, <2.17.0	Ferramenta de busca de similaridade
Nextclade	≥3.15.0, <3.16.0	Análise de clados e controle de qualidade
Seqtk	≥1.5.0, <1.6.0	Utilitário para arquivos FASTA
NCBI Datasets CLI	≥18.9.0, <18.10.0	Download de dados do NCBI
TaxonKit	≥0.20.0, <0.21.0	Manipulação de taxonomia

Passo 2: Instalar ViralQC

pip install viralQC

Passo 3: Verificar Instalação

vqc --help

Instalação a partir do código-fonte

Passo 1: Clonar o Repositório

git clone https://github.com/InstitutoTodosPelaSaude/viralQC.git
cd viralQC

Passo 2: Criar Ambiente Conda

micromamba env create -f env.yml
micromamba activate viralQC

Passo 3: Instalar ViralQC

pip install -e .

Passo 4: Verificar Instalação

vqc --help