Lógica de Pontuação

O ViralQC implementa um sistema próprio de pontuação mais flexível que o Nextclade.

Por Que Um Sistema Próprio?

Enquanto o Nextclade usa três categorias (good, mediocre, bad), o ViralQC oferece quatro níveis (A, B, C, D):

A - Sequências que atendem todos os critérios
B - Sequências adequadas para maioria das análises
C - Usar com cautela
D - Uso não recomendado

Métricas de Qualidade

O ViralQC calcula pontuações para 6 métricas:

1. missingDataQuality - Qualidade de Dados Ausentes

Baseada na cobertura do genoma:

Cobertura	Pontuação
≥ 90%	A
≥ 75%	B
≥ 50%	C
< 50%	D

2. privateMutationsQuality - Qualidade de Mutações Privadas

Baseada no número de mutações privadas em relação a um limite configurável:

Mutações Privadas	Pontuação
≤ threshold	A
≤ threshold × 1.05	B
≤ threshold × 1.10	C
> threshold × 1.10	D

Threshold padrão: 10 mutações (configurável via private_mutation_total_threshold)

3. mixedSitesQuality - Qualidade de Sítios Mistos

Sítios Mistos	Pontuação
0	A
1	B
2	C
≥ 3	D

4. snpClustersQuality - Qualidade de Clusters de SNPs

SNPs Clustered	Pontuação
0	A
1	B
2	C
≥ 3	D

5. frameShiftsQuality - Qualidade de Frameshifts

Frameshifts	Pontuação
0	A
1	B
2	C
≥ 3	D

6. stopCodonsQuality - Qualidade de Códons de Parada

Stop Codons	Pontuação
0	A
1	B
2	C
≥ 3	D

Cálculo do genomeQuality

A pontuação geral combina as 6 métricas:

Conversão: A=4, B=3, C=2, D=1 pontos
Normalização: score = (total / 24) × 24
Classificação:

Score	genomeQuality
= 24	A
≥ 18	B
≥ 12	C
< 12	D

Extração de Regiões-Alvo

O ViralQC extrai sequências baseado na hierarquia de qualidade:

        graph TD
    A[Analisar Sequência] --> B{genomeQuality = A ou B?}
    B -->|Sim| C[Extrair GENOMA COMPLETO]
    B -->|Não| D{targetRegionsQuality = A ou B?}
    D -->|Sim| E[Extrair REGIÕES-ALVO]
    D -->|Não| F{targetGeneQuality = A ou B?}
    F -->|Sim| G[Extrair GENE-ALVO]
    F -->|Não| H[NÃO EXTRAIR]